亚足联本赛季恢复了亚洲第三级别俱乐部赛事，称为亚足联挑战联赛(AFC Challenge League)，相当于十余年前的亚足联主席杯(AFC President's Cup)。

亚足联现有47个正式成员，分为西区25个和东区22个。挑战联赛规制是西区12队参赛，东区8队参赛。除协会系数排在西区和东区前六的足协外，其他协会均有球队进入挑战联赛正赛的可能性，途径包括：亚冠二级联赛附加赛的负方、根据协会排名直接进入挑战联赛的正赛以及通过挑战联赛预选赛进入正赛。

2024-25赛季，西区有12支正赛球队。印度的东孟加拉和巴林的麦纳麦国民通过第一类途径进入正赛，他们在亚冠二级联赛的附加赛中分别负于土库曼斯坦的阿什哈巴德的黄金时代和科威特的科威特体育。第二类途径的球队包括科威特的科威特阿拉伯、土库曼斯坦的阿尔卡达格、黎巴嫩的贝鲁特星、叙利亚的代尔祖尔富托瓦、孟加拉国的巴顺达拉国王、阿曼的锡卜、马尔代夫的马兹亚和巴勒斯坦的圣城新月。吉尔吉斯共和国的坎特''阿布迪什-阿塔''和不丹的帕罗通过预选赛进入正赛。

东区没有举行亚冠二级联赛的附加赛，因此没有第一类途径的参赛球队。由于中国澳门及文莱、东帝汶、关岛和北马里亚纳群岛没有球队获得牌照，东区仅有6支球队通过第二类途径直接进入正赛，分别是印度尼西亚的马都拉联、缅甸的掸邦联、柬埔寨的柴桢圣剑、中国台湾的南市台钢、老挝的万象小象和蒙古国的SP猎鹰。

西区的12支球队分为三个小组，每组4队，每组的小组第一以及三组中成绩最好的小组第二进入西区半决赛，之后进行西区决赛以决出西区冠军。东区的6支球队分为两个小组，每组3队，每组的前两名进入东区半决赛，之后进行东区决赛以决出东区冠军。两区各自的冠军将于2025年5月10日进行总决赛（地点待定）以产生最终的冠军。

为减少各参赛球队的差旅开支，小组赛阶段采用赛会制模式。东一组的比赛场地是缅甸仰光的素万那体育场，参赛球队包括南市台钢、万象小象和掸邦联。素万那体育场可容纳5万余人，是仰光联和缅甸国家队的主场。南市台钢是台南市台湾钢铁足球俱乐部的简称，已在台企甲联赛实现四连冠。万象小象是老挝新贵，获得老甲联赛最近两个赛季的冠军。掸邦联在缅甸国家联赛实现四连冠，领跑积分榜。

东二组的比赛场地是蒙古国乌拉巴托的蒙古国足协足球中心，参赛球队包括印尼的马都拉联、柬埔寨的柴桢圣剑和蒙古国的SP猎鹰。SP猎鹰是蒙古国超级联赛2023-24赛季的冠军。柴桢圣剑是柬埔寨超级联赛2023-24赛季的冠军。马都拉联是印尼甲2023-24赛季的亚军。

西一组的比赛场地是不丹廷布的羌黎密塘足球场，参赛球队包括贝鲁特星、东孟加拉、巴顺达拉国王和不丹的帕罗。羌黎密塘足球场在不丹历史中具有重要意义。帕罗是不超豪门，近期签下本田圭佑担任队长。贝鲁特星是黎超2023-24赛季的冠军。东孟加拉是2024印度超级杯的冠军。巴顺达拉国王是孟加拉超2023-24赛季的冠军。

西二组的比赛场地是科威特的科威特体育俱乐部体育场，参赛球队包括科威特阿拉伯、阿尔卡达格、坎特''阿布迪什-阿塔''和马兹亚。科威特阿拉伯是科威特第二豪门。阿尔卡达格是土库曼斯坦顶级足球联赛2023赛季的冠军。坎特''阿布迪什-阿塔''是吉尔吉斯超级联赛2023赛季的冠军。马兹亚是马尔代夫顶级足球联赛2023赛季的冠军。

西三组的比赛场地是阿曼锡卜的锡卜足球场，参赛球队包括代尔祖尔富托瓦、圣城新月、麦纳麦国民和锡卜。锡卜足球俱乐部是阿曼职业联赛2023-24赛季的冠军。富托瓦体育俱乐部是叙超联赛2023-24赛季的冠军。圣城新月是西岸超2022-23赛季的亚军。麦纳麦国民以巴林国王杯2023-24赛季冠军的身份参加亚足联挑战联赛。